Słabo się znam na 2.5tdi V6, ale wg mnie powinieneś sprawdzić czy pokrywają się znaki na wale i wałkach rozrządu, ponadto pompa wtryskowa też powinna być ustawiona "na znaki". Podejrzewam, że Twój mechanik po wymianie rozrządu ciachnął się o jeden ząbek, a może nawet i mniej na którymś kole i z tego to złe odpalanie.
Silnik pracuje tak samo jak przed wymianą? Jest słabszy, mocniejszy, cichszy, głośniejszy?