Czy próbowałeś podmienić sterownik silnika na inny.? Miałem kiedyś przypadek, że uszkodzony był sektor w pamięci flash(am29f400bt). Jak sterownik był zimny to wszystko było ok, po podgrzaniu sterownika silnika działy się cuda.
Wspominasz, że przepływki nie podmieniałeś? Próbowałeś ją odpiąć i przejechać się w trybie awaryjnym?